虽然米可利成功将火村击退，但接触过靛蓝色宝珠的火村却在此时因宝珠的力量而失去理智，向着米可利本人袭击过来。
此时，大吾出现在两人面前，命令巨金怪以彗星拳将火村击飞。
向米可利说明情况后，大吾让米可利先行前往琉璃市，自己则和巨金怪一起对抗火村和煤炭龟。
巨金怪击败煤炭龟后，大吾注意到琉璃市方向传来巨大的冲击，便乘上巨金怪，往琉璃市赶去。
途中，琉璃市再次发生爆炸，在冲击中，大吾和巨金怪一起抓住了一位名叫莎菲雅的少女，保护她免受冲击波侵袭。
在莎菲雅的帮助下，大吾成功唤醒了三只传说的巨人。
但是，尽管大吾和巨金怪努力保护莎菲雅，但她仍然被冲击波波及，失去了踪影。
在最终决战中，当烈空坐平息了固拉多和盖欧卡的争斗、三只超古代宝可梦各自离开之后，大吾因连日战斗带来的压力而力尽而逝。
巨金怪带着米可利及大吾的遗体进入了琉璃市。
而当路比的时拉比改变时空使大吾复活后，巨金怪回到了大吾身边。
夜间来到海紫堇室外解手的米拉特遭到了一只神秘的宝可梦的攻击，察觉到此事的大吾便派出自己的巨金怪和米拉特的蜥蜴王搭档作战。
巨金怪进行超级进化后，以金属爪进攻过去，但被对方闪过。
短暂交手后，这只神秘的宝可梦便离开了。
随后，正当莎菲雅和米拉特的超级火焰鸡和超级蜥蜴王以自己的生命能量为次元传送装置充能时，流星之民希嘉娜带领新生熔岩队和新生海洋队对海紫堇发动了进攻。
再次进行超级进化的巨金怪与希嘉娜的黏美龙展开对抗，但随后被路比的超级巨沼怪制止。
趁路比和希嘉娜周旋时，大吾和巨金怪转而和其他手下战斗。
在战斗中，由于数月前为火箭提供了能量，巨金怪渐渐显得力不从心，逐渐就在对战中落入了下风。
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