阿倍仲麻吕获准回国的消息传出以后，长安朝野人士，纷纷送别，依依不舍，素与仲麻吕交好的诗友们，怀着惜别的激情，挥笔作诗赠别。诗境深远，亲切感人，仲麻吕也以十分激动的心情写了《衔命还国作》的动人诗篇，赠答友人：衔命将辞国，非才忝侍臣。天中恋明主，海外忆慈亲。伏奏违金阙，騑骖去玉津。蓬莱乡路远，若木故园林。西望怀恩日，东归感义辰。平生一宝剑，留赠结交人。仲麻吕在诗中抒发了他留恋中国，惜别故人和对唐玄宗的感戴心情，意境深远，感人至深。它是歌颂中日两国人民传统友谊的史诗，千百年来为两国人民所传诵。《衔命还国作》后来收录在宋代编辑的优秀诗文集《文苑英华》里，也是《文苑英华》中唯一外国人的作品。
随藤原清河大使一行辞别长安，往扬州延光寺邀请鉴真和尚东渡，他们分乘四船从苏州起航回国。仲麻吕仰视海天，惜别中国，向往故乡，遂咏成和歌一首，并译为汉语示与众人，众皆叹赏：翘首望长天，神驰奈良边；三笠山顶上，想又皎月圆。但是，命运却偏偏和归心似箭的仲麻吕为难，他们在归国途中遇到了风暴，藤原清河大使和仲麻吕所乘的第一船触礁，不能继续航行，与其他三船失掉联系，被风暴吹到越南的驩州海岸。登陆后，不料又遭横祸，全船一百七十余人，绝大多数惨遭当地土人杀害，幸存者只有仲麻吕和藤原清河等十余人，他们历尽艰险，再次入长安。好友们见到仲麻吕脱险归来，不胜为之惊喜。
安禄山叛乱，唐玄宗蒙尘四川，仲麻吕随往避难，直至玄宗自蜀还幸长安，仲麻吕亦随之返还，这年仲麻吕已六十一岁。
此后，在长安又生活了11年，且仕途顺利，深得肃宗及代宗信任，历任左散骑常侍、安南都护、安南节度使等要职，最后官至光禄大夫兼御史中丞，被封北海郡开国公。在长安辞世，并埋葬于长安，时年72岁，为表彰阿倍仲麻吕为唐朝和中日交流作出的功绩，唐代宗追赠他为二品璐州大都督。
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