安禄山乘虚派史思明、尹子奇急攻河北一带，各郡又沦陷，只有平原郡、博平郡、清河郡防守坚固。但人心惶惶，不能再振奋起来，颜真卿经与众人商议，放弃平原郡，渡过黄河，走崎岖小路到凤翔拜见李亨，李亨任命他为宪部尚书，又调任御史大夫。此时，朝廷正处于混乱状态，但颜真卿仍像平常一样按法律治事，武部侍郎崔漪、谏议大夫李何忌都被他弹劾降职。
广平王李俶统率二十万军队收复长安，辞行的那天，在行宫门前不敢上马，快步走出栅栏才上马，王府都虞候管崇嗣先于李俶上马，颜真卿予以弹劾。李亨退回他的奏章，慰勉说：“朕的儿子每次外出，朕都谆谆教育他，所以不敢失礼。管崇嗣年老腿跛，你暂且宽容他。”百官由此都严肃守礼起来。长安收复后，李亨派左司郎中李选祭宗庙，在祝词上署名“嗣皇帝”，颜真卿对礼仪使崔器说：“太上皇还在川蜀，这样行吗？”崔器立即报告李亨更改，李亨因此赞赏颜真卿的才识，颜真卿又建议在长安郊野筑坛，由李亨向着东方哭祭，然后再派出礼仪使，李亨未采用此建议。宰相厌恶颜真卿直言劝谏，调他出京任冯翊太守。转任蒲州刺史，封丹阳县子，又被御史唐旻诬陷，降为饶州刺史。
颜真卿任浙西节度使，淮西节度副使刘展将要反叛，颜真卿指示预先做好战备，都统李峘认为他无事生非，反而攻击他，李亨因此召颜真卿为刑部侍郎。刘展后起兵反叛，渡过淮河，李峘逃奔江西。权宦李辅国将太上皇李隆基迁居西宫，颜真卿率百官问安，此举招致李辅国的厌恶，致仕其被降为蓬州长史。
太子李豫即位，起用颜真卿为利州刺史，没有下任命书，改任吏部侍郎，又授荆南节度使，还未赴任，改拜尚书右丞。为躲避吐蕃入侵，李豫避难陕州，颜真卿请求让自己奉诏召仆固怀恩回朝，但李豫不同意。李豫回京，颜真卿请李豫先参拜陵墓宗庙，后在正殿即位，宰相元载认为他迂腐，颜真卿生气地说：“这意见用不用在您，进言的人有什么罪过？但朝廷规章哪能经受您两次破坏呢？”元载记恨在心。
李豫命颜真卿以检校刑部尚书的职务任朔方行营宣慰使，劝说仆固怀恩入朝，颜真卿回答说：“陛下在陕州时，臣去用忠义的道理质问他，让他前来奔赴国难，他还有可来的道理。如今陛下已经回宫，他进不是勤王赴难，退则无法向大家解释，这时去召见他，他怎么肯前来呢！再说，告仆固怀恩谋反的人，仅有辛云京、骆奉仙、李抱玉、鱼朝恩四人而已，其余大臣都说他冤枉。陛下不如用郭子仪取代仆固怀恩，这样可以不战而使其臣服。”李豫同意，颜真卿因而留在京城主持尚书省事务，改封鲁郡公。
元载结党营私，怕群臣奏报李豫，因而让他下诏，让群臣进言时，都经自己审查才能上奏，颜真卿上奏劝阻，于是宦官在朝廷内外传播此事。怀素返回故乡，绕道东都洛阳南下，拜会颜真卿，颜真卿是位爱才之人，他把“十二笔意”即“平谓横、直谓纵、均谓间、密谓际”等传授给了怀素。颜真卿并为怀素作《怀素上人草书歌序》，极称怀素草书的精绝，从怀素晚年写的《小草千字文》纸本真迹中可以看出，怀素后期草书也得力于颜真卿传授的笔法，他们的这次相遇成为中国书法史上的一段千古美谈。
颜真卿掌管太庙的事务，说祭器没有整治，元载认为他诽谤朝廷，将其贬为峡州别驾，后改任吉州司马。颜真卿改任抚州刺史，后任湖州刺史。在抚州任职的五年中，颜真卿关心民众疾苦，注重农业生产，热心公益事业，针对抚河正道淤塞，支港横溢，淹没农田的现状，他带领民众在抚河中心小岛扁担洲南建起一条石砌长坝，从而解除了水患，并在旱季引水灌田。抚州百姓为了纪念颜真卿，将石坝命名为千金陂，并建立祠庙，四时致祭。
元载被杀，经宰相杨绾、常衮举荐，颜真卿获召入朝，担任刑部尚书，随后升任吏部尚书。李豫驾崩，颜真卿重任礼仪使，他上奏说前几朝皇帝追加谥号的礼节繁复，请按初定的礼节为准，颜真卿的意见遭袁傪排斥，往往无法上报朝廷。时值战乱之后，典章法令废弛，颜真卿虽然博古通今，但他的建议多被权臣阻扰，难以实施。
颜真卿因刚正而得罪宰相杨炎，被改为太子少师，仍兼礼仪使，到奸相卢杞掌权后，更加厌恶颜真卿的刚正，改授他为太子太师，罢免其礼仪使一职。卢杞还多次派人探听哪一个方镇方便些，准备把他排挤出京都，颜真卿去见卢杞，告诉他说：“你先父卢中丞（卢奕）的头颅送到平原郡，脸上满是血，我不忍心用衣服擦，亲自用舌头舔净，您忍心不容忍我吗？”卢杞表面惊惶地下拜，但内心却恨之入骨。
叛乱的淮西节度使李希烈攻陷汝州，卢杞建议派颜真卿前往李希烈军中，传达朝廷旨意，唐德宗李适同意，朝臣为此大惊失色，宰相李勉秘密上奏，“以为失一国老，贻朝廷羞”，坚决要求留下他，河南尹郑叔则也劝他不要去，颜真卿回答说：“圣旨能逃避吗？”
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