杨行密避而不战，时间一久，孙儒的士兵果然粮草不足，而且又发生了大瘟疫。杨行密尽其所有军队攻打孙儒，孙儒战败被俘，将死之时，孙儒抬头看着刘威说：“听说避战不出的策略就是你提出的，倘使我有像你这样的将领，又怎么会失败呢？”于是就死，杨行密收降孙儒的余兵数千，用黑衣蒙住盔甲，称为“黑云都”，作为亲军。
杨行密再入扬州，唐朝封杨行密为淮南节度使，加拜检校太傅、同中书门下平章事。杨行密以田頵镇守宣州，安仁义镇守润州，因为杨行密的势力越来越大，升州刺史冯弘铎前来归附。杨行密又分派田頵等人四出攻掠，自淮河以南、长江以东各州都被攻下，而且进攻钱镠的苏州，擒获苏州刺史成及。
兖州朱瑾被朱温攻击，向李克用求救，李克用派李承嗣率精锐骑兵数千救助朱瑾，朱瑾失败，于是与李承嗣都奔附杨行密。杨行密的部众大多是江、淮人，淮人体质弱，得到朱瑾的精锐骑兵，杨行密的军队更加强大。朱温派葛从周、庞师古攻打杨行密的寿州，杨行密在清口击败朱温军，杀庞师古，葛从周收兵逃走，追到渒河，又大败朱温军。
钱镠攻苏州，与杨行密大将周本战于白方湖，周本战败，苏州又归于钱镠。杨行密派李神福攻钱镠，战于杭州，大败钱镠军，擒获钱镠的将领顾全武而归。次年，冯弘铎叛变，袭击宣州，等到田頵与冯弘铎在曷山交战时，冯弘铎战败，准备逃入海中，杨行密亲自到东塘邀请冯弘铎，派人对冯弘铎说：“胜败是用兵的常事，一战之败，何苦自弃跑到海岛上去呢？我的府第虽小，还可以容纳你。”冯弘铎感动哭泣，杨行密带领十余骑，跑到冯弘铎的军中，以冯弘铎为节度副使，以李神福代冯弘铎为升州刺史。
唐昭宗被困在岐王李茂贞的驻地凤翔，派江淮宣谕使李俨拜杨行密为东面诸道行营都统、检校太师、中书令，封吴王，使统兵讨朱全忠，又加朱瑾为平卢节度使、冯弘铎为武宁节度使、朱延寿为奉国节度使、皆为遥领，加武安节度使马殷使相，令即日起兵勤王。
杨行密以李神福为鄂岳招讨使进攻杜洪，荆南成汭救援杜洪，李神福将其击败于君山。朱温军攻青州，王师范来向杨行密求救，杨行密派王茂章救援，大败朱温军，杀朱友宁。朱友宁是朱温哥哥的儿子，朱温大怒，亲自率领号称二十万的军队进攻王茂章，又为王茂章击败。田頵背叛杨行密，袭击升州，捉住李神福的妻子儿女奔归宣州。杨行密召李神福讨伐田頵，田頵派将领王坛迎击，又送信给李神福，以其妻子儿女招降他。李神福说：“我从一个小卒的生活就跟从吴王起事，现在成为大将，忍心背离恩德而顾恋妻子儿女吗？”立即斩杀来使自绝退路，军士听说后都很感动振奋。走到吉阳矶时，田頵拿着李神福的儿子李承鼎用以招降李神福，李神福呵叱左右射杀其子，并在吉阳打败王坛。杨行密另派台蒙攻击田頵，田頵战败被杀。
起初，田頵及安仁义、朱延寿等都跟从杨行密起自微贱，及至江淮刚平定，杨行密想休养生息、罢兵安民，但田頵、安仁义、朱延寿三人都猛悍难制，杨行密很想除掉他们，只是没有行动。钱镠的部将许再思等反叛，围困钱镠，许再思联合田頵进攻钱镠的大本营杭州，快要攻克时，杨行密接受了钱镠的贿赂，令田頵撤兵，田頵为此很怨恨。田頵曾经计划在广陵起事，杨行密的部将很多向田頵索贿，连狱吏也有所求。田頵发怒说：“狱吏想让我下狱吗？”于是，回去就谋反了。安仁义听说后也反叛杨行密，焚烧东塘，袭击常州。常州刺史李遇出战，看见安仁义就大骂。安仁义止住自己的军队说：“李遇竟敢这样辱骂我，他肯定有伏兵。”于是，率军退却，而伏兵果然出击，追到夹冈，安仁义插旗于地，解开盔甲吃饭，李遇的军队不敢追击。
安仁义又进入润州，杨行密派王茂章、李德城、米志诚等围困安仁义。吴军中首推朱瑾擅长用槊，米志诚擅长射箭，都为当时的佼佼者。而安仁义曾以射箭自负，说：“米志诚以十分之弓，不及朱瑾一分之槊；朱瑾以十分之槊，不及我安仁义一分之弓。”每次与王茂章等交战，保证瞄准后发射，因此吴军畏惧，不敢接近。杨行密也想招降，安仁义犹豫不决，王茂章乘其懈怠，挖地道入城，捉住安仁义，斩于广陵。
杨行密派刘存攻鄂州，焚烧城池，城中军队突围而出，将领们请求赶快攻击，刘存说：“我们攻击，他们又进入城内，那么城池就更坚固，让他们离去，城池就可以攻取。”这一天城破，俘获杜洪，斩于广陵，朱温军攻破襄州，赵匡凝奔归杨行密。
杨行密去世，时年五十四岁，谥号吴武忠王，其长子杨渥继立，后来杨行密第四子杨溥称帝，追尊杨行密为武皇帝，庙号太祖，陵墓称兴陵。
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