公元前16至11世纪的殷商时期最盛鬼神，生活中凡有重大事件，必须要进行占卜、祭祀，而这些活动都由巫祝来主持。《周易·观卦彖辞》中就有记载：“观天之神道，而四时不忒，圣人以神道涉教，而天下服矣。”这神道的主持者是巫祝，因此，巫祝不仅能够参与祭祀娱神等重大活动，而且还可以掌管医疗文教等领域的事务。那个时候还设有巫医专职负责人们的疾病与健康。
最早的巫医不是用针石药物来治病，而是用“祝由”的方式。“祝由”就是用向天祝告，以及利用符咒的方式来治疗疾病。关于巫医治疗的场景，在刘向的《说苑》中有一段生动的描写。书中写到巫医们让病人躺在草席上，用稻草扎成草狗，面向北方念念有词。不多时，病者便可恢复健康。
这种治疗方法的科学性一直饱受争议，若认真究其科学性，也并非无迹可寻。对于当时对自然界万事万物都存在敬畏心理的民众来说，这种方法对患者的心理治愈不可谓无效，其医疗结果还是显而易见的。
从道教方面看，巫祝乃是道教的远古渊源。《说文》中对“巫”的解释是，“巫，祝也，能齐肃事神明者，在男曰觋（xí），在女曰巫。”这在道教的仪式与道医的治疗手段方面可见一斑。另外，道教之“道”便来源于古代的“神道涉教”，道教中的符箓、禁咒等，也是来源于远古巫术。道教医学中运用的针灸、祝禁等医疗手段，显然也是由远古巫术流传发展而来。
巫祝是神道的主持者，道教中的道医虽然不如巫祝在原始社会中的地位崇高，但就医术承袭这一点，道医是对巫祝医学领域部分的继承。由于道医治疗手段的多样以及身份中浓厚的原始宗教色彩，所以道医常常带有一定的巫医以及神仙医药等方面的神秘色彩。故此，道教医学和道教文化以及民间原始宗教文化是同源之水，都滋润了中国医学与中国传统文化的成长，给我们留下了宝贵的历史财富。
道医中的医、道渊源始终以道为体，以医为用。道医收蓄了道家“重人贵生”的教义与修为法，重视人和生命的价值，并将此种观念与教义注入人的主观能动性，最终实践于生活，将“道”与“医”融合在一起。老子说，“我命在我，不属天地”，与一般宗教的神灵主宰论不同，道医立足于现实，关注人的健康与长生，故道医可将道的虚无与医的实用圆融一处。
道医的溯源是原始的宗教信仰，但是与一般的宗教相比，又多了一些现实的人道情怀，实则难能可贵。中华文化之本源即是“道”，人法地、地法天、天法道、道法自然，故人修道便向天地法养心、养性、养气、养神、养生，天人合一而长生。可以说，道医由道而生，为道而行。
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